Los ecosistemas acuáticos son elementos importantes en el ciclo hidrológico. Sin embargo, las actividades humanas han reducido y puesto en riesgo su permanencia e integridad, y con ello, la continuidad de los servicios ambientales que brindan. En México, las áreas naturales protegidas (ANP) han sido una de las estrategias más utilizadas para su conservación. En 2009, las ANP federales incluían, total o parcialmente, diversos ecosistemas acuáticos continentales asociados a 91 ríos (con 3 mil 333 km de cauce). En el caso de los ecosistemas marinos, en ese mismo año había cerca de 4.8 millones de hectáreas protegidas bajo este esquema. Además de las ANP, los humedales de la Convención Ramsar también protegen a los humedales del país: en 2009 México cuenta con 123 sitios Ramsar, abarcando una superficie de alrededor de 8.9 millones de hectáreas.