Paralelamente a los instrumentos dedicados a la protección de los ecosistemas terrestres y al aprovechamiento sustentable de su vida silvestre, se han diseñado y puesto en ejecución programas orientados a la recuperación, cuando ha sido posible, de zonas degradadas, afectadas por plagas y enfermedades o en las que los ecosistemas naturales han desaparecido. Los más importantes son el Programa de Conservación y Restauración de Ecosistemas Forestales (Procoref, dentro del cual se incluyen al Programa de Reforestación, las acciones de conservación y restauración de suelos forestales, así como las acciones de sanidad forestal) y el Programa de Plantaciones Forestales Comerciales (Prodeplan), ambos coordinados por la Conafor. La superficie acumulada atendida por estos dos programas ascendió, a diciembre de 2008, a cerca de 4.9 millones de hectáreas, de la cual 59% correspondió a los esfuerzos de reforestación (cerca de 2.9 millones de hectáreas), 7% a las labores de sanidad forestal (alrededor de 330 mil hectáreas), 21% a la conservación y restauración de suelos forestales (poco más de un millón de hectáreas) y 13% a las plantaciones forestales (alrededor de 663 mil hectáreas). En total, la superficie atendida por estos instrumentos hasta diciembre de 2008 cubrió el 2.5% de la superficie terrestre nacional.