Clase	Orden	Familia	Nombre científico	Nombre común	Categoría de riesgo NOM-059-SEMARNAT-2010
Actinopterygii	Atheriniformes	Atherinopsidae	Chirostoma riojai	Charal de Lerma, Charal de Toluca	Peligro de extinción
Actinopterygii	Atheriniformes	Atherinopsidae	Poblana alchichica	Charal de Alchichica	Amenazada
Actinopterygii	Cypriniformes	Cyprinidae	Cyprinella xanthicara	Sardinita o Carpa de Cuatrociénegas	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cypriniformes	Cyprinidae	Hybognathus amarus	Carpa Chamizal	Probablemente extinta en el medio silvestre
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Cyprinodontidae	Cyprinodon bifasciatus	Cachorrito de Cuatrociénegas	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Cyprinodontidae	Cyprinodon maya	Cachorrito gigante	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Cyprinodontidae	Cyprinodon nazas	Cachorrito del Nazas	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Fundulidae	Fundulus lima	Sardinilla peninsular	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Allodontichthys tamazulae	Mexcalpique de Tamazula	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Allotoca goslinei	Tiro lineado	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Allotoca regalis	Tiro rayado	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Ameca splendens	Mexcalpique mariposa	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Girardinichthys viviparus	Mexcalpique	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Hubbsina turneri	Mexcalpique michoacano, Cherehuita	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Ilyodon furcidens	Mexcalpique de Armería	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Skiffia bilineata	Tiro rayado	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Goodeidae	Skiffia lermae	Tiro olivo	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Poeciliidae	Gambusia longispinis	Guayacón de Cuatrociénegas	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Poeciliidae	Poecilia butleri	Topote del Pacífico	Sujeta a protección especial
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Poeciliidae	Poecilia velifera	Topote de aleta grande	Amenazada
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Poeciliidae	Xiphophorus gordoni	Espada de Cuatrociénegas	Peligro de extinción
Actinopterygii	Cyprinodontiformes	Profundulidae	Profundulus hildebrandi	Escamudo de San Cristóbal	Peligro de extinción
Actinopterygii	Gasterosteiformes	Syngnathidae	Hippocampus erectus	Caballito de mar rayado	Sujeta a protección especial
Actinopterygii	Perciformes	Cichlidae	Cichlasoma grammodes	Mojarra de Chiapa de Corzo	Sujeta a protección especial
Actinopterygii	Perciformes	Cichlidae	Herichthys bartoni	Mojarra caracolera	Peligro de extinción
Actinopterygii	Perciformes	Cichlidae	Herichthys minckleyi	Mojarra de Cuatrociénegas	Peligro de extinción
Actinopterygii	Perciformes	Percidae	Etheostoma lugoi	Perca de Cuatrociénegas	Peligro de extinción
Actinopterygii	Perciformes	Sciaenidae	Totoaba macdonaldi	Totoaba	Peligro de extinción
Actinopterygii	Siluriformes	Ariidae	Potamarius nelsoni	Bagre lacandón	Sujeta a protección especial
Actinopterygii	Siluriformes	Ictaluridae	Ictalurus dugesii	Bagre del Lerma	Amenazada
Actinopterygii	Siluriformes	Ictaluridae	Ictalurus mexicanus	Bagre del Verde	Amenazada
Actinopterygii	Siluriformes	Ictaluridae	Ictalurus pricei	Bagre del Yaqui	Amenazada
Actinopterygii	Siluriformes	Lacantuniidae	Lacantunia enigmatica	Bagre de Chiapas	Peligro de extinción
Chondrichthyes	Lamniformes	Cetorhinidae	Cetorhinus maximus	Tiburón peregrino	Amenazada
Chondrichthyes	Lamniformes	Lamnidae	Carcharodon carcharias	Tiburón blanco	Amenazada
Chondrichthyes	Orectolobiformes	Rhincodontidae	Rhincodon typus	Tiburón ballena	Amenazada
Chondrichthyes	Pristiformes	Pristidae	Pristis pectinata	Pez sierra	Amenazada
Chondrichthyes	Pristiformes	Pristidae	Pristis pristis	Pez sierra	Amenazada
Petromyzontida	Petromyzontiformes	Petromyzontidae	Tetrapleurodon spadiaceus	Lamprea de Chapala	Peligro de extinción