El Fondo de Desastres Naturales se integra por los siguientes instrumentos: I. El Fondo Revolvente FONDEN a cargo de la Secretaría de Gobernación; II. El Programa Fondo de Desastres Naturales del Ramo General 23 "Provisiones Salariales y Económicas", del Presupuesto de Egresos de la Federación de cada ejercicio fiscal; y III. El Fideicomiso Fondo de Desastres Naturales.

En cuanto al contenido específico de los rubros de atención del gasto, éste puede cambiar de un año a otro según la circunstancia que se presente y exija atención.

“Reserva financiera (Artículo 37, LFPRH)”, corresponde a los recursos necesarios para constituir la reserva financiera prevista en el artículo 37, segundo párrafo, de la LFPRH (Ley federal de presupuesto y responsabilidad hacendaria).

El total de Cobertura a Infraestructura Pública del año 2006 incluyen 3,991 millones de pesos del Programa de Reconstrucción (Art.67 y anexo 8, del PEF06) de manera adicional a los rubros mostrados.

Para los datos de 2010, el rubro “Infraestructura pública educativa” incluye los recursos autorizados para la atención de infraestructura cultural y deportiva, y el referente a "Autorización es por el Consejo Técnico del fideicomiso FONDEN" incluye los recursos para apoyar a los estados de Baja California Sur e Hidalgo para la atención de daños ocasionados por fenómenos naturales ocurridos en 2009, así como los recursos para la realización de proyectos preventivos.

El rubro “Seguro de riesgo” se refiere a los recursos para el diseño de mecanismos financieros para protección del patrimonio del Fideicomiso FONDEN. En 2010 incluye 3.8 millones de pesos para apoyar al estado de Tabasco para el desarrollo de una Estrategia de Gestión Integral de Riesgos. En 2011 se refiere a los recursos autorizados para la contratación de un esquema de transferencia de riesgos catastróficos.

El rubro "Recursos complementarios autorizados", de los años 2014, 2015 y 2016, se refiere a recursos complementarios autorizados para la reconstrucción del estado de Guerrero.

El rubro "Dependencias y Entidades Federativas" indica recursos otorgados a dependencias de la APF y entidades federativas para llevar a cabo actividades de reconstrucción que no fue posible incluir durante el proceso de evaluación de daños de conformidad con la normatividad aplicable.

"Atención a damnificados" se refiere a los recursos para la adquisición de suministros de auxilio en situaciones de emergencia y des astre.

“Otras asignaciones” se refiere en 2005 y 2006, a los recursos destinados a cubrir al Colegio de México los costos de evaluación del FONDEN. En 2011 a los recursos autorizados a SEDESOL para el PET, así como a Sonora para desarrollar una Estrategia de Gestión Integral de Riesgos.

“Transferencia de remanentes”. Se refiere a los recursos remanentes del Programa FONDEN así como los correspondientes al Fondo para la Prevención de Desastres (FOPREDEN) del Ramo Genera l 23 que, al término de cada ejercicio fiscal, se transfieren al Fideicomiso Preventivo de Desastres Naturales (FIPREDEN) y al Fideicomiso FONDEN.