Clase	Orden	Familia	Nombre científico	Nombre común	Categoría de riesgo NOM-059-SEMARNAT-2010
Reptilia	Crocodylia	Alligatoridae	Caiman crocodilus	Caimán de anteojos	Sujeta a protección especial
Reptilia	Crocodylia	Crocodylidae	Crocodylus acutus	Cocodrilo de río	Sujeta a protección especial
Reptilia	Crocodylia	Crocodylidae	Crocodylus moreletii	Cocodrilo de pantano	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Anguidae	Abronia lythrochila	Lagarto alicante labios rojos	Amenazada
Reptilia	Squamata	Anguidae	Abronia ochoterenai	Lagarto alicante verde	En peligro de extinción
Reptilia	Squamata	Anguidae	Abronia ramirezi	Lagarto alicante de Jiquipilas
Reptilia	Squamata	Colubridae	Cryophis hallbergi	Culebra de neblina de Hallberg	Amenazada
Reptilia	Squamata	Helodermatidae	Heloderma horridum	Lagarto enchaquirado mexicano, Escorpión	Amenazada
Reptilia	Squamata	Helodermatidae	Heloderma suspectum	Monstruo del Gila	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura acanthura	Iguana espinosa del Golfo	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura defensor	Iguana yucateca	En peligro de extinción
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura hemilopha	Iguana espinosa de Sonora (complejo de especies)	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura oaxacana	Iguana de Oaxaca	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura pectinata	Iguana espinosa mexicana	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Ctenosaura similis	Iguana espinosa rayada	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Iguana iguana	Iguana verde	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Sauromalus ater	Chuckwalla común	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Sauromalus hispidus	Chuckwalla espinosa	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Sauromalus klauberi	Chuckwalla de Isla Santa Catalina	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Sauromalus slevini	Chuckwalla de Isla Monserrat	Amenazada
Reptilia	Squamata	Iguanidae	Sauromalus varius	Chuckwalla de Isla San Esteban	Amenazada
Reptilia	Squamata	Polychrotidae	Anolis parvicirculatus	Anolis de Berriozábal	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Cerrophidion tzotzilorum	Nauyaca de montaña tzotzil	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus catalinensis	Víbora de cascabel, cascabel de la Isla Santa Catalina	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus enyo	Víbora de cascabel	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus intermedius	Víbora de cascabel	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus lannomi	Cascabel de Autlán	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus pusillus	Víbora de cascabel	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus ravus	Víbora cascabel pigmea mexicana	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus ruber	Víbora de cascabel	Sujeta a protección especial
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus stejnegeri	Víbora de cascabel	Amenazada
Reptilia	Squamata	Viperidae	Crotalus transversus	Víbora de cascabel	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Cheloniidae	Caretta caretta	Tortuga marina caguama	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Cheloniidae	Chelonia mydas	Tortuga marina verde del Atlántico, Tortuga blanca	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Cheloniidae	Eretmochelys imbricata	Tortuga marina de carey	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Cheloniidae	Lepidochelys kempii	Tortuga lora	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Cheloniidae	Lepidochelys olivacea	Tortuga golfina	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Dermatemydidae	Dermatemys mawii	Tortuga blanca, Tortuga de río centroamericana	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Dermochelyidae	Dermochelys coriacea	Tortuga marina laúd	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Testudinidae	Gopherus berlandieri	Tortuga del desierto del noreste, Galápago tamaulipeco	Amenazada
Reptilia	Testudines	Testudinidae	Gopherus flavomarginatus	Tortuga del desierto chihuahuense, Galápago de Mapimí	En peligro de extinción
Reptilia	Testudines	Testudinidae	Gopherus morafkai	Tortuga del desierto de Sonora, Galápago de Sonora